W 1339 roku dobra Małkowa z rąk wielkiego mistrza Dietera von Altenberga otrzymał niejaki Czcibór (Stibor), później należało ono do rodziny Kczewskich, którzy ostatecznie sprzedali Małkowo zakonowi kartuzów. Po I rozbiorze Polski i przejęciu dóbr kościelnych przez państwo pruskie Małkowo zostało wydzierżawione rodzinie von Brauneck, a w 1809 roku sprzedane Arnoldim. Ostatnim jego właścicielem był Max Bölcke. Po 1945 roku majątek został upaństwowiony i wkrótce przekształcony w PGR. W 1993 roku część ziemi po dawnym PGR nabyła Ekofarma - ekologiczne gospodarstwo, tworząc nowoczesną mleczarnię oraz zajmując się ekologiczną uprawą ziemi i hodowlą krów mlecznych. We wsi zachował się dwór (obecnie remontowany z przeznaczeniem na obiekt konferencyjno-hotelowy, niedostępny do zwiedzania) oraz zabudowania folwarczne z przełomu XIX i XXw., położone obok dworu w centrum wsi. Dzisiejsze Małkowo to wieś rolnicza, choć na skraju miejscowości powstało już nowoczesne osiedle domków jednorodzinnych „Park w Małkowie".















